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電泳后，核酸需經染色才能顯色出帶型，常用以下核酸染色劑：

1、溴化乙錠（ethidiumbromide，EB）最常用的核酸熒光染料，可嵌入核酸雙鏈的配對堿基之間，在紫外線激發(fā)下，發(fā)出桔紅色熒光。EB-DNA復合物中的EB發(fā)出的熒光，比游離的凝膠中的EB發(fā)出的熒光強度大10倍，因此無需洗凈背景即可清楚觀察核酸帶型。若EB背景太深，可將凝膠浸泡于1mmol/LMgSO4中1h或10mmol/LMgCl2中5min，使非結合的EB褪色，這樣可檢查到10ng的DNA樣品，EB也可用于檢測單鏈DNA或RNA，但其對單鏈核酸的親和力相對較小，熒光產率也相對較低。在凝膠或電泳緩沖液中加入終濃度為0。5μg/ml的EB，染色可在電泳過程中進行，能隨時觀察核酸的遷移情況。但EB帶正電荷，嵌入堿基后增加了核酸分子的剛性，使遷移率減慢，故不宜用于測定核酸分子量的大小，這時應在電泳后將凝膠浸入0。5μg/ml的EB水溶液中10min進行染色。EB見光易分解，應于4℃避光保存

2、吖啶橙（acridineorange，AO）：吖啶橙可嵌入雙鏈核酸堿基對之間，在254nm紫外線激發(fā)下發(fā)出530nm的綠色熒光；還通過靜電與單鏈核酸的磷酸基結合，在254nm紫外線激發(fā)下產生640nm的紅色熒光。因此可區(qū)分單鏈和雙鏈核酸，靈敏度分別為0。1μg和0。05μg。但吖啶橙的染色操作要求嚴格，應在22℃，0。01mol/L磷酸鈉緩沖液（pH7。0）中避光浸泡30min，然后在搪瓷盤中用該緩沖劑4℃脫色過夜或22℃脫色1~2小時

3、銀（Ag+）試劑：Ag+與核酸形成穩(wěn)定復合物，然后用甲醛使Ag+還原成銀顆粒。AgNO3等試劑可使聚丙烯酰胺凝膠上的單鏈，雙鏈DNA及RNA都染成黑褐色。銀染法的靈敏度比EB染色高200倍左右，比亞甲藍染色高100~1000倍，在小于0。5mm厚的凝膠中，能檢測出0。5ng的RNA，其缺點是專一性不強，能與蛋白質，去污劑反應也產生褐色，而且對DNA的染色定量不準確。銀與DNA穩(wěn)青秀合，對DNA有破壞作用，不適于DNA片段回收的制備

4、亞甲藍（methyleneblue）可將RNA染成藍色，但靈敏度不高，而且操作時間長。染色過程：膠浸泡于0。02%的亞甲藍，10mmol/LTris-Ac(pH8。3)，4℃放置1~2h，用凈水洗5~8h（反復換水），帶型肉眼可見，最低檢測量為250ng